1.建档对于鉴定出来的每一个菌种，应该进行汇总登记（包括已出现过的菌种），登记内容应根据菌种鉴定报告内容填写，包括：流水号、出处（如车间名称或样品名称）、唯一编号、属、菌种名称、拉丁学名、是否保存、登记人/日期等。流水号：每一个大类别下面编辑流水号（大类别＋2位数年＋3位数字），无论该菌种是否为重复出现，例如：2021年鉴定出来的第一个细菌流水号是B21001，该流水号应该是唯一的。大类别分为两种：细菌（用字母B代表）、真菌（用字母F代表）。对于鉴定的菌种，其所有相关的记录及报告应整理成一套完整的记录报告作为该菌种的档案，归档保存。（分离纯化至鉴定报告相关记录可生成电子版，更易查阅，菌落形态等更直观。
2.保存：对于鉴定出来的菌种应该采取适宜的方式进行保存：取分离纯化后的典型菌落扩大培养，然后采用适宜的方法进行保存，具体保存方法参见“检定菌管理程序”。推荐采取-70℃以下甘油冷冻管保存，保存有效期2年。对近有效期的菌种，若没有新鉴定出来的同种菌种进行替换，则应对该保存菌种进行复苏、分离后再次进行鉴定，若鉴定结果与原菌种鉴定结果一致，则可将该菌种再次进行制备保存。对于鉴定结果一致的重复出现的菌种可不再进行保存，或保存用于替代原保存的快过期的菌种。保存鉴定的菌种时应注明代次，应严格控制不得超过5代（标准菌种按照其代次规律进行代次控制，鉴定平皿上鉴定成功的菌种定义为第1代），防止过度的传代而造成菌种变异。传代一次是指将活的培养物接种至新鲜的培养基中，任何转种进行亚培养的形式被认为是转种或传代一次。菌种保存时应予以编号，以便追溯使用。其编号原则：流水号＋代次＋制备日期+序列号，采用n/N的方式，n为第几支，N为总支数。
