目前，中药质量标准广受诟病的是“成分含量论”。一方面所选取的含量检测对应成分是否是有效物质“模糊不清”，例如、中成药中癌症治疗处方广泛使用的乳香，对其所含挥发油成分的作用认识不清，各派意见相左，历史文献古籍也是各抒己见，一些认为炮制去除这些成分，减少对胃肠刺激的不良反应，但是“乳香”药材药典标准却对其挥发油含量有明确要求，矛盾；另外一些认为其恰恰是治疗肿瘤的有效部位，但是尚无有效科学证据。一方面所选取检测成分含量多少“违背现状”，很多药材市场上几乎找不到符合标准的药材，导致一些历史习用原本疗效确切的品种无法生产。一方面检测方法不准确，重现性差，甚至因为地域、海拔差异导致结果偏差。
现阶段中药质量评价主要是【性状】、【鉴别】、【检查】、【含量测定】等标准组成，是由传统的眼观、鼻闻、口尝等感官鉴定，即使应用光谱、色谱等技术，依然是由单一成分定量。中药，复方、多成分、多靶点的特性，导致其现有的评价方法显得单一，有失偏颇，无法全面反映中药的内在质量，无法准确体现其有效性与安全性。生物学评价是中药质量评价标准发展的一个重要方向，从CDE近年推出的一系列指导原则可见一斑。
代谢组学是生物评价方法之一，通过考察生物体系受刺激或扰动后其代谢产物的变化或其随时间的变化，来研究生物体系的代谢途径。目前，多针对代谢物中某一生物或细胞中所有的低分子量代谢产物进行检测分析。中药对机体产生哪些影响，对细胞、器官、组织等的影响无法全面准确量化呈现，但是可以通过人体代谢表达出整体反应，从代谢物组的成分和含量的变化体现药物产生的效果。这些代谢物组成分就是生物标志物。更加通俗地讲就是，通过现有的或者正在创新发展的分析技术对生物代谢物（血液、尿液、汗液等）中一些小分子物质进行系统的检测，进而分析外源性物质（药物）对生物体产生的整体效应，认识机体的生理变化，根据代谢物中获得的“物质”反过去倒推测药物或药材中“有效成分”。就这一点而言，我个人认知，与化学药物中一些杂质、毒性成分（前体）的认定有异曲同工之妙。
其实，在传统医药中，例如藏医药、古希腊医学中都有根据病人尿液颜色、气味等判断病人的身体状态，现代医学中，尿检，根据尿液泡沫性状诊断，都存在。现阶段广泛应用于中药代谢组学研究的分析方法是色谱质谱联用技术。它具有传质速度快、分离效能好、检测灵敏度高等优点。目前，国内甚至国外已经开展天然药物各种成分定性、定量分析，绘制指纹图谱，甚至建立相应的数据库。
