1.细菌的分离
进行细菌鉴定的第一步首先要一个纯培养，多种细菌混合在一起目前无法准确的鉴定。为实现分离我们需要进行分离纯化，具体可见：一般微生物实验室的菌种鉴定小结 @博普智库：https://www.bopuyun.com/p/114601682499
2.细菌的鉴定
2.1细菌的分类根据
对于我们门纲目科属的分类过于恐怖，我们只需要知道科（Family，哪个大家族）属（Genus，哪一个支脉）种（Species，一小家子）。大肠埃希菌属于肠杆菌族的埃希氏菌属；金黄色葡萄球菌属于微球菌族的葡萄球菌属。
2.2观察平板上的菌落特征
此时属于表型鉴定，需要确认大小、颜色、外型、气味、在血平板上是否溶血（如肺炎链球菌部分溶血、粪肠球菌无溶血）等。该部分因为存在主观判断且需要经验等原因，对于未知菌主要是为后续鉴定做支持一般不作出鉴定结果判断。如果此时是针对已知菌，可以作为确认的内容。
2.2镜检-定向实验（一）
镜检需要确认的内容：染色情况（如革兰氏阴性菌还是革兰氏阳性菌）、形态（球菌还是杆菌）、分布情况（如成对、单个、呈葡萄串等）。
个人对这一步的理解类似于我们5S管理整理整顿的过程，对细菌进行简单分类，确保后续测试结果的有效性，因为镜检的结果仍不够明确，需要增加一些倾向性实验。
4.倾向性实验-（定向实验二）
4.1触酶试验（Catalase）
大多需氧和兼性厌氧菌均产生过氧化氢酶（可以将过氧化氢分解为水和氧气），但链球菌属阴性，故常用此试验来鉴定，用于区分葡萄球菌(过氧化氢酶阳性）和链球菌(过氧化氢酶阴性）
4.2氧化酶（Oxidase）：TMPD（N Tetra methyl-para-phenylene-diamine）
氧化酶试验：氧化酶不直接与氧化酶试剂起反应，而是先使细胞色素C氧化，然后此氧化型细胞色素C再使对苯二胺氧化，产生颜色反应而进行的试验，用于区分不发酵的革兰阴性杆菌（氧化酶阳性，紫红色）和肠道菌（氧化酶阴性）。
4.3.凝固酶试验：用于区分凝固酶阴性葡萄球菌（可推测为非致病性）和凝固酶阳性葡萄球菌(很可能为致病性）。
通过定向实验的结果我们可以判断细菌的族或属，帮助我们选择正确的鉴定条。例如革兰氏阳性球菌在触酶试验为阳性时为葡萄球菌、革兰氏阳性球菌在触媒实验为阴性时为链球菌。
5.细菌鉴定
5.1利用生化特性进行细菌的鉴定，生化特性研究主要是细菌的新陈代谢研究。例如葡萄糖在酶的作用下回产酸导致pH下降进而引起颜色变化。如将碳源给为乳糖、蔗糖、阿拉伯糖等不同的糖类，根据糖的氧化或发酵情况可以进行细菌的鉴定。同样利用蛋白质的代谢（例如明胶、乳类、血等在蛋白酶、脲酶、脱氨酶、脱羧酶等不同酶是否存在的情况下呈不同的生化反应）、脂代谢（脂肪酶、卵磷脂酵素等）这些生化反应来进行细菌的鉴定。
5.2利用抗原特性进行细菌鉴定
利用免疫反应中抗原-抗体反应，将抗体固定于乳胶颗粒，在相应抗原出现时抗体将会主动粘附。接种已分纯的细菌根据其是否发生抗原-抗体反应进行细菌的鉴定。
5.3通过颜色来鉴定
直接根据平皿上菌落的颜色进行细菌的鉴定，此时的平皿多为选择培养基，且目标菌应为常见细菌。
5.4通过分子生物学手段进行鉴定
通过检测特定的DNA片段手段来鉴定细菌，需要有一定的数据库储备。
