众所周知，人的指纹具有“各不相同、终生不变”的特性。很早以前，人们就在纸上或木板上按手印来标识身份。并且它们的复杂度足以提供用于鉴别的足够特征。指纹除了具有唯一性外，还具有遗传性和不变性。尚未发现有不同的人拥有相同的指纹，所以每个人的指纹也是不一样的。指纹已被广泛用于入境检查、搜查罪犯、人员识别等领域。
中药在我国有悠久的历史, 从神农尝百草开始就利用中药治病。传统的中药在质量控制上缺乏科学的检验手段,，我国中药理论具有悠久历史，中药文化博大精深。在我国中药已有数千年历史，是中国劳动人民几千年来在与疾病作斗争的过程中，通过实践，不断认识，逐渐积累的丰富的中药知识。中药体系庞大且复杂，包含多种成分，加上药材品种、产地、加工方法、贮藏条件等因素的影响，并没有现行的质量标准来准确规范。中药成分复杂, 其有效部位往往不是某种单一成分, 而是群体。从群体中分离出的单一成分, 疗效反而可能会降低甚至消失。以某种单一成分作为质量控制指标越来越不适应中药质量控制要求。由于中药成分复杂，中药组方更因不同药物之间的复杂作用而表现出特殊的复杂性，使其在揭示配伍原理及作用机制上存在很多困难，缺乏整体定量监控技术。另外，由于组方配伍之后会改变原有化学成分，产生新化学物质，因此需要对化学成分进行归属。通过比较组方中不同中药配伍的指纹图谱，能够清晰地发现组方配伍后的色谱及光谱图中的有效成分来自于哪些中药材，以及产生了哪些新物质，这对于质量控制以及配伍规律的研究都是很有意义的。这样要求我们找到一个既能符合传统用药习惯，又能很好地表征中药材内在特性，进而提高现行中药质量标准的技术含量的方法。
随着世界各国对天然药物的了解和研究的不断深入，指纹图谱技术在国内外已成为一种发展趋势，其研究方法和技术更趋成熟完善，随着指纹图谱研究的不断深入，最终将建立相对成熟的中药质量评价体系。中药指纹图谱是一种综合的，可量化的鉴定手段，它是建立在中药化学成分系统研究的基础上，主要用于评价中药材以及中药制剂半成品质量的真实性、优良性和稳定性。中药及其制剂均为多组分复杂体系，因此评价其质量应采用与之相适应的，能提供丰富鉴别信息的检测方法，建立中药指纹图谱将能较为全面地反映中药及其制剂中所含化学成分的种类与数量，进而对药品质量进行整体描述和评价。在此基础上，如果进一步开展谱效学研究，可使中药质量与其药效真正结合起来，有助于阐明中药作用机理。
指纹图谱采用一定的分析手段和仪器检测得到的能够标识其中各种组分群体特征的共有峰的图谱, 是以系统的化学成分研究和药理学研究为基础, 经化学测定或基因鉴定得到的某种或某产地中药及其制剂所共有的、具有特异性的组分群体(某类或数类成分)特征图谱或图像。指纹图谱根据开发的方法不同可分为薄层色谱( T LC) 指纹图谱、高效液相色谱( HPLC) 指纹图谱、气相色谱( GC) 指纹图谱、毛细管电泳( HPCE) 指纹图谱、紫外光谱( UV) 指纹图谱、红外光谱( IR) 指纹图谱、核磁共振( NM R) 指纹图谱、质谱(MS) 指纹图谱、X- 射线衍射指纹图谱以及DNA 指纹图谱。
根据供试品的特点和所含化学成分的理化性质选择相应的检测方法。应说明选择检测方法的依据和该检测方法的原理，确定该检测方法的方法学考察资料和相关图谱（包括稳定性、精密度和重现性）。对于所含成分类型较多的中药材，如一种检测方法或一张图谱不能反映该中药材的固有特性，可以考虑采用多种检测方法或一种检测方法的多种测定条件，建立多张指纹图谱。建立指纹图谱所采用的色谱柱、薄层板等必须固定厂家和型号、规格，试剂、测定条件等也必须相应固定。采用光谱法建立指纹图谱，其相应的检测条件也必须固定。稳定性试验：主要考察供试品的稳定性。取同一供试品，分别在不同时间检测，考察色谱峰的相对保留时间、峰面积比值的一致性，确定检测时间。采用光谱方法检测的供试品，参照色谱方法进行相应考察。应根据10批次以上供试品的检测结果，标定中药材的共有指纹峰。说明标定共有指纹峰的理由，并附各批供试品的图谱。
指纹图谱检测标准应包括：供试品的制备；对照品溶液或内标物溶液的制备；测定方法（包括仪器、试剂、测定条件和测定方法）；指纹图谱及各项技术参数；起草说明；有效部位或中间体的指纹图谱检测标准及起草说明。
指纹图谱可以区分药材的不同部位；可以考察商品药材及成药的质量； 从标准指纹图谱可追踪制剂中某些化学成分的变化； 可以检测原料与成品之间，成品的批间质量的稳定性。指纹图谱更好地表明中药的内在质量, 大大提高中药质量控制和评价的技术水平和科技含量, 成为建立现代中药质量标准体系的核心。
